■大橋施工時如探測到中華白海豚，會即時停工，並發出聲音讓牠游離。 資料圖片大橋工程涉及海洋部分，生態問題自然備受關注，而建橋區域是珍稀物種中華白海豚棲息地，如何保護中華白海豚是建橋又一大挑戰。港珠澳大橋管理局工程管理部部長李江指出，在建造大橋時已做足相關保護措施，為此橋管局委託專家設計保護施工方案，運營維護手冊列明保護環境手則，在環保護豚預算投入近40億元人民幣（逾46億港元）。
他指出，施工過程中落實的各項環保措施屢開內地交通基建領域的先河，大橋工程在橋樑、隧道、人工島、施工方法等多方面均有諸多調整，如減少橋墩、由海上作業變為陸地工廠化作業、在中華白海豚繁殖期有條件施工等，以此盡量減少對環境造成的影響，但相應增加工程造價逾36.7億元（約42.2億港元）。
力求保護海洋生態
同時，橋管局在人工島成島、基槽開挖等進行施工工藝上的優化、選擇新型環保材料、制定防止污染的制度和管理辦法，及在施工過程開展的各項試驗研究等，力求做好海洋生態環境和白海豚的保護。他說：「建橋七年期間，沒發現一例白海豚因工程污染傷亡事件，證明保護措施卓有成效。」
他指出，保護大橋海域環境的主要管理制度包括定期開展海洋環境和中華白海豚監測工作，掌握施工區海洋環境和中華白海豚變化情況，及時消除環保隱患；落實生態資源補償經費，緩解對生態環境的影響；劃定專用的採砂區和疏浚物傾倒區域，降低對海洋環境的污染；及建立中華白海豚保護和跨境環保聯絡等環保溝通機制，加強環保信息溝通和交流等，「我們做足措施，讓污水與廢油回收到岸上，如果遇到什麼問題，例如探測到中華白海豚，會即時停工，並發出一些聲音讓牠游離區域。」