一、聶樹斌的作案時間、作案工具來源以及被害人死亡時間和死亡原因這些基本事實不能確認；
二、聶樹斌被拘捕後首5天的訊問筆錄、案發後首50天內多名重要證人的詢問筆錄，以及可以證明聶樹斌有無作案時間的重要原始書證考勤表缺失，導致聶樹斌原在卷有罪供述的真實性、合法性存疑；
三、原判據以定案的證據沒有形成完整鎖鏈；
四、在原審有關重要證據缺失的情況下，充分運用了「常理」這個重要的裁判理念。再審判決在評判本案原辦案人員當年的行為和事後的解釋時多次使用了「不合常理」這一表述，具有重要導向作用。
資料來源：新華社