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■華大4名核心技術人員及數十名技術人員參與德國大腸桿菌的基因排序。 香港文匯報記者郭若溪 攝
香港文匯報訊（記者 郭若溪 深圳報道）面對蔓延歐美的腸道出血性大腸桿菌（EHEC），中國科研機構率先衝出重圍，將破解的EHEC基因組序列信息公布在NCBI數據庫。深圳華大基因研究院昨日接受香港文匯報記者專訪時表示，該院率先破解EHEC基因組序列信息，並最快研製完成德國大腸桿菌檢測試劑盒，全球相關機構均可免費下載檢測方案。這成功的背後，源自華大4名核心研究員3天來加班加點的排序工作。
德國EHEC疫情爆發後，位於當地的華大基因研究院辦事處最先得到了德方基因測序的求助，並迅速協調深圳總部與之建立聯繫，成立由微生物基因組中心領頭的4人專門研究小組制定基因組研究策略，並對該細菌進行測序和生物信息學分析。
各階段成果讓外界檢驗
該院獲得德國漢堡大學醫學院提供的大腸桿菌DNA樣本後，利用第三代測序儀——Ion Torrent在3天內即初步完成了菌株的基因排序，證實疫情由一種兼具侵襲、產毒、腸出血等超級毒性的新型大腸桿菌引起。華大遂成為世界上第一個取得研究成果，並把基因序列公布在NCBI數據庫的科研機構。
華大新聞發言人楊碧澄博士表示，該院自參與測序以來的各階段成果，都有通過官網向外發布，為的是通過公益的方式和全球的研究機構互相證實研究成果的準確性。在與德國的合作中，華大主要從基因組的角度提供病菌信息，而德國則從臨床上進行驗證，盡快研製出有效的藥物和採取預防措施，避免病毒全球蔓延開來。
「華大是在5月23日參與對菌株基因測序中的，其間德英等研究機構都有對各自的案例進行了基因組的研究。華大研究團隊圍繞著『怎樣找到治療方案』這一目標，連續加班數日，為的就是盡早的找到答案，以便於前線應用人員能盡快使用，控制疫情。」
冀弄清菌株毒性基因
通過對更新的基因組圖譜進行分析，華大研究小組還確定該菌株含有Stx2毒力基因（志賀毒素），是出血性大腸桿菌的主要毒力因子，並可能與出血性腸炎及溶血性尿毒症的致病性有關。該菌株除攜帶氨基糖類、大環內酯類及磺胺類抗生素的耐藥基因外，還攜有頭孢菌素、單㩦胺菌素、青黴素和鏈黴素類共8種抗生素的抗藥基因。
楊碧澄表示，分析結果顯示的8種抗生素都是常用於治療腸胃感染的第一類優選藥物，也用於手術前的預防感染上，菌株的特異基因致使其難以治療。「抗生素一般不能亂用，因為錯誤的使用抗生素，有可能引起病菌的反抗機制而釋放更多的毒性。華大希望通過對更多樣品的進一步分析，搞清楚菌株是否會對更多的抗生素有耐藥性，以及其毒性基因如何。」楊碧澄說。
測試劑兩小時可診斷
華大研究小組開始研製針對該菌株的診斷試劑盒，用來檢測食物、病人體內及環境中是否含有該菌株。楊碧澄表示，由於此前研究已證實該大腸桿菌含有來自腸出血性大腸桿菌（EHEC）和腸黏附性大腸桿菌（EAEC）兩種致病基因。研究人員根據此特異性制定出針對該菌株的PCR診斷方案，可通過對這兩對特異性引物的擴增，在肉眼可觀察到的情況下即可鑒定出樣品是否會顯示出與黏附性及出血性菌株相關的基因，對疫情監控和致病病菌的檢測起著重要作用。
「這種診斷方法具有很高的敏感度，在大腸桿菌DNA濃度低至約1皮克（10至12克）的反應體系中仍可檢測出該菌株。臨床人員從食物、病人或環境中分離出大腸桿菌的DNA，到完成整個診斷過程的時間最多不超過1天。測試盒的單個診斷時間只需2至3小時。」楊碧澄說。
據介紹，華大下一步將繼續用更多的樣品驗證試劑盒的有效性，不斷尋找有助於藥物篩選的基因分析結果，避免因為錯誤的使用抗生素，引起病菌的反抗機制而釋放更多的毒性。
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