港珠澳大橋正好穿越珠江口中華白海豚自然保護區核心區，如何保護白海豚備受外界關注。孟凡超向香港文匯報披露，在大橋前期規劃研究中，國家曾撥付兩億元給有關機構專門研究如何在港珠澳大橋施工中保護白海豚。
控制施工人數 免騷擾「原居民」
「我們在施工方案和技術的設計上，大大控制了下海作業的人員和裝備數量。在施工期間，海上幾乎沒有什麼太多的機具和人員。如果按照傳統的施工方案和理念來做，千軍萬馬下海，大量的排放、人員和裝備，就可能會與海洋生物有衝突。」孟凡超說，根據監測記錄，由於採用了先進技術施工，大大降低了對白海豚負面影響的預期，也低於項目可行性研究的預期。
「到現在還沒有發現因施工導致白海豚受到負面影響或者傷亡。」他進而分析，由於大橋位處世界級戰略航道，往來的眾多船隻威脅着白海豚的生命，但大橋通車後會將大量的海上交通流轉移到橋上，對白海豚的保護是一個有利的選擇和方向。
資料顯示，2016年珠江口中華白海豚國家級自然保護區管理局目擊海豚共258群、1,890頭次。港珠澳大橋管理局副局長余烈曾表示，大橋主體工程施工7年來，沒有發現因施工直接造成中華白海豚傷亡的事故，同時也沒有發現重大海洋污染事故或因海洋污染事故造成中華白海豚死亡。