圓明園的焚毀始於1860年英法聯軍的大規模縱火搶劫。1900年，北京被八國聯軍攻佔，圓明園在混亂間遭到附近的清軍遺兵和匪民劫掠，殘存建築大部分被毀。清朝滅亡後，圓明園遺址無人看護，殘存的石料大多被掠去，殘存的建築和園牆也因人口的大量遷入而遭到平毀。 經過70餘年的殘毀後，圓明園已成荒地。目前圓明三園內有跡可考的遺址，大多分佈在西洋樓一帶，包括海晏堂大錫海，諧奇趣、方外觀殘存石往石台，大水法西洋式石門及噴水池，綺春園單孔橋圓明園別有洞天石舫等。
圓明園被劫掠後，園內價值連城的珍品大量流失於海外。英法聯軍在1886年盜走的海晏堂「水力鐘」噴泉十二生肖獸首銅像，目前已知尚存的遺珍中，牛首、虎首、猴首銅像已於2000年被北京保利集團標得。2003年何鴻燊出資600萬餘元購回豬首銅像。馬首原收藏於台灣，兔首及鼠首銅像則於法國被中國商人蔡銘超買入。