蔡若蓮作為一校之長，原本與政治無關，直至政治歪風席捲校園、往往以年輕學子作為下手目標，才將她「擺上枱」。時間回到2014年，那個怎樣也鼓動不起違法「佔中」的夏天，「學民思潮」等團體開始以罷課作為違法「佔領」的前奏，煽動學生罷課。當時反對派就將矛頭指向學校，《明報》在那段時間亦刊出《愛國校不准罷課撐佔中》的報道，稱時任福建中學（小西灣）校長蔡若蓮說罷課「不是一個合理的（請假）理由」，會當作曠課處理，言論刺激到反對派，令她成為箭靶。
「學民」不惜做假抹黑
這亦埋下了她將會面對反中亂港者無理攻擊的伏線。翌年「學民思潮」就發難攻擊這所傳統愛國學校，聲稱該校學生「被迫」拍攝基本法教材影片，並上載一張似是而非的相片，稱有關拍攝前所派發的「通告」並無「不參與」選項云云。蔡若蓮隨即成為追究目標，但後來有網民就踢爆「學民」老屈，上載了一張真正的通告，寫明家長若同意子女參與有關拍攝活動，才填妥回條交回學校，而「學民」所上載的相片，其實是「校外活動申請表」。
此外，蔡若蓮作為校長期間，亦被追問「港獨」議題，她直言，學生在校園內可討論政治，但不應做政治活動，因學校是學習地方。
她又指，「港獨」違反香港基本法，向中學生鼓吹「港獨」理念十分不負責任，有關言論亦再一次觸動「港獨」分子和「反中亂港」的反對派神經。