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【科學講堂】古菌界阿斯加德 助研生命演化

2019-05-22
■洛基的城堡。 網上圖片■洛基的城堡。 網上圖片

上一次和各位討論細胞中線粒體(mitochondria)的來源,提到了Lokiarchaeota這一類古菌。在現今流行的一個猜想當中,Lokiarchaeota這一類古菌在很久以前,「因緣際會」下「吸收」了另外的一種細菌;這種細菌後來「逗留」在古菌之中,就慢慢地演化成後來細胞中的線粒體。眼光銳利的讀者可能已經留意到Lokiarchaeota的首四個字母:Loki,也就是近幾年在超級英雄電影中大受歡迎的北歐神祇洛基。這類以北歐神祇命名的微生物,其實是在近年才被發現,但卻幫助我們了解生命在古代的時候是如何演化。今天就和大家簡單介紹一下。

「洛基城堡」尋古菌

海底火山或是海床板塊活動活躍的地方附近,海水經常被地球內部的高溫加熱得火燙,繼而以噴泉的形式向海中噴發出來。在北冰洋附近就有一個這樣的「海底溫泉」,被叫作「洛基的城堡(Loki's Castle)」。早在2010年,科學家們就已在這個「城堡」附近收集海床沉澱物,並分析當中含有的DNA。

到了2015年,瑞典烏普薩拉大學的演化微生物學家Thijs Ettema和他的研究夥伴發表分析結果,指出在這些沉澱物中找到新類型的古菌,並將它以「洛基」命名。不過,「洛基」在微生物的世界中並不孤單:其後科學家們找到了更多相關的古菌種類,並繼續以北歐的神祇來命名:Thor(也就是雷神索爾)、Odin(雷神的父王奧丁)和Heimdallr(視覺聽覺極佳的守護使者海姆達爾)。現在甚至有提議,將這四種古菌歸納為一個更大的種類,名為Asgard(也就是雷神等等居住的世界阿斯加德),看來科學家們在命名的時候也真的是「別出心裁」呢。

古菌後代說暫佔上風

這些古菌的名稱雖說有趣,但對我們理解生命又有何重要呢?為此,我們需要回想起上次提過的3大生物種類:真核生物(eukaryota)的細胞中含有細胞核,將重要的DNA包裹起來,跟細胞的其他部分分隔。這些細胞的結構較為複雜,而較高級的生物(包括人類)也屬於真核生物,因此在生物演化的過程中,真核生物應該是較遲出現的。

另一大生命種類就是我們熟悉的細菌(bacteria);而最後一類就是之前提及的古菌(archaea)。細菌及古菌都沒有細胞核,不過在許多其他方面(包括牠們的基因排序)就有很大的不同,因此被歸納為不同的種類。

這樣的分類應用於現今的生物之上看來不錯,不過這些種類的演化過程,卻在生物學界掀起了一番的辯論。上次跟大家提到,在久遠的年代,一些古菌「吞噬」了另一些細菌;這些細菌漸漸演化成線粒體,而整個古菌與細菌的結合就慢慢變成真核細胞。

如此看來,所有真核生物(包括我們)都是古菌的後代。不過並非所有人都同意這樣的想法:另一些生物學家認為,當初吞噬細菌的並非古菌,而是真核生物與古菌的共同祖先。吞噬了細菌的,後來演化為真核生物;沒有的,就演化為古菌。在這樣的想法下,真核生物、細菌及古菌之間並沒有完全的從屬關係,因此真正是呈三國鼎立之勢。

「阿斯加德」一類的古菌,就為這個辯論提供了更多的材料。雖然是古菌,牠們卻擁有不少真核生物才有的基因,以致研究人員自己甚至懷疑他們分析的樣本是否曾受到污染(在嚴格的程序下,這樣的可能性自然極低)。

既然如此,「我們是古菌後代」的猜想看來是稍微佔上風了。

不過,古菌與真核生物在演化的過程中互相交換基因,並非不可能之事,因此誰是誰的祖先,並不是這麼容易就可以決定下來。有些科學家已在研究如何在實驗室中培育這些「阿斯加德」古菌,希望能更深入研究這個課題。■張文彥博士 香港大學理學院講師

短暫任職見習土木工程師後,決定追隨對科學的興趣,在加拿大多倫多大學取得理學士及哲學博士學位,修讀理論粒子物理。現任香港大學理學院講師,教授基礎科學及通識課程,不時參與科學普及與知識交流活動。

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