針對有人聲稱行政長官指定審理涉國家安全案件的法官名單是「干預」司法獨立，譚耀宗質疑，「他們將問題想得太複雜，也都將它化得太大。」他相信，即使法例沒有寫明，行政長官屆時仍會諮詢特區終審法院首席法官的意見，大家毋須擔心，更不必將此上升成所謂「司法獨立」的問題。在指定法官一事，中央不會參與意見，由特首全權行使相關權力。
譚耀宗在訪問中舉例，《截取通訊及監察條例》是由行政長官指定若干法官，反映有關做法並不罕見，也不是所謂「行政干預」，相關做法是平衡了將案件送到內地審理、派內地法官到港審理、或完全按香港現有機制處理等不同做法，認為事前物色一些合適人選，會對審理工作有所幫助，也能解決所謂「外籍法官」的爭議。
他相信，在行政長官指定若干法官時，會諮詢最熟悉各級法院法官的特區終院首席法官的意見，「就算法例沒有寫明一定要諮詢，或者一定要首席大法官推薦，但相信特首都會主動地徵詢首席大法官意見，我覺得不需要擔心，也不需要將這些事情上升到所謂『司法獨立』的問題。」
他續說，若大家認為寫落條文上更安心，「我覺得咁就寫落去咯，我不反對，我也會把這個意見反映（上去）。」
被問及指定法官的選擇標準，譚耀宗相信法例中不會寫得很細節，但相信無論是特區終院首席法官以至特首，都會全面評估衡量，找出最合適的人選。他認為，相關法官對國家安全要有多些了解，但若從講話、判詞等了解到法官有明顯的政治傾向，「我就認為不合適。」
有香港攬炒派要求在通過立法前，公開港區國安法條文，更聲言是次立法「沒有諮詢港人意見」。
譚耀宗表示，國家安全是中央事權，有關條例是全國人大常委會制定，這個立法流程按照內地的立法法做的，有別於特區自己本身的立法流程，而街頭簽名、網上簽名、座談會、書面等多個途徑都是在收集香港各方意見。 ■香港文匯報記者 文根茂