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菲律賓事故調查委員會提交的報告，由於準備時間不足，以致部分資料未能趕及載列在報告中，例如生還人質李瀅銓和吳幼媛(梁太)的供詞，因來不及翻譯，未有在報告中列出。
欠缺子彈碎片彈道測試
報告指，案中的子彈碎片會以人手進行彈道測試，部分碎片送往香港，由香港警方協助進行測試，結果將稍後得出，因此這份報告將欠缺這方面的資料。此外，報告只限於列出法醫根據部分物證的檢驗結果，因此未能提出按照正式驗屍、案發現場調查和法醫程序所得出的結論。
生還人質李瀅銓和梁太的口供相當重要，但因委員會直至草擬報告第5天才收到供詞的英文譯本，無法趕及在報告中的「事發經過」部分列出。然而，她們的口供在草擬報告其它部分時已一併參考，尤其是驗屍部分。重組事發過程也是根據生還人質和旅遊巴司機盧邦的證供。
此外，可能協助槍手門多薩策劃挾持人質和沒預先警告當局的人士，均曾受到調查，但委員會並沒將調查結果列入報告。
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