香港政府正積極參與和推動粵港澳大灣區建設，但香港與內地的電子支付系統卻不兼容，這可能是電子支付在香港不太盛行的其中一個原因。
以香港人最為熟悉的支付寶與微信支付為例，兩者均有香港版與內地版。不過兩地賬戶卻不能互相轉賬，而香港版支付寶和微信支付的用家，亦無法在大部分內地商舖或網站使用電子支付服務。香港人如希望在內地暢通無阻地使用電子支付，就需要先在內地銀行開戶取得銀行卡後，再用經實名認證的內地手機號碼註冊，可謂費時失事。
金管局副總裁李達志早前曾表示，希望內地商店接受香港電子錢包，並期望日後可成立跨境流動支付系統，目前正研究相關系統及商戶如何配合。展望將來，隨着香港與內地的電子支付系統進一步優化，增加相互兼容度，香港人使用電子支付的誘因將增加，有助提升香港電子支付的普及程度，令生活更加便捷。