反修例風波中，經常見到李卓人的身影，從風波剛剛萌芽到後來「遍地開花」，他都高調積極參與，包括透過職工盟屬會發起所謂的三罷；早前搞到機場大癱瘓、斷送香港機場安全高效美譽的航空人員大罷工，也是職工盟旗下的航空公司工會主導參與。
夥禍港者領頭非法遊行
到最近警方評估風險，以遊行會破壞社會秩序及參加者安全為由，多次拒絕「民陣」舉辦的遊行，但李卓人竟罔顧所有人的安全，一意孤行領頭搞非法集會遊行，其中10月1日的非法遊行中，他夥同「禍港四人幫」壹傳媒黎智英、李柱銘、何俊仁等身穿黑衣，公然排在隊頭，帶隊參與這次非法活動，他們更厚顏地表示：「出嚟行街啫！」
最後活動又是爆衝突收場，黑衣魔狂性大發、發起衝擊，四處流竄破壞，在多個地區大肆堵路、縱火、掟磚及汽油彈，演變成全港騷亂。
不過外界較少為意的是，李卓人近年積極參與NED的活動。今年7月，修例風波鬧得沸沸揚揚之際，文件顯示李卓人當時參加由NED成立的機構「世界民主運動」（WMD）在馬來西亞舉行的20周年慶典活動。
李卓人更曾撰文稱讚「世界民主運動」是全球民主運動的「希望的燈塔（the beacon of hope）」。WMD是NED重要的機構，秘書處設在華盛頓NED總部內，近年活躍於亞洲地區，以聯繫社運分子作幌子，目的是在各地策劃所謂的民主化浪潮，以推翻美國政府不屬意的政權。