蛇口郵輪中心開航初期，相距約一公里的新舊碼頭間交通接駁尤為關鍵。儘管郵輪中心已在蛇口港地鐵站和新碼頭之間開通多輛免費接駁車，但由於運力不足、的士無法開進碼頭上落客區，首日出現大批旅客滯留的情況。當日下午，經過深圳交委緊急抽調大巴增加運力，現場情況得以緩解。
記者早上現場採訪看到，郵輪中心周邊還在施工，進場道路不完善，多輛泥頭車在路上運行，導致灰塵飛揚。搭乘的士抵達的乘客只能在邊防檢查站下車後步行，再轉乘接駁巴士。
現場多名港客找不到乘坐的士的地方，被告知只能到舊碼頭才能打車。無奈下只能去乘坐接駁巴士，然而在免費接駁巴士乘車處，由於接駁巴士數量少，現場約有兩三百人在排隊等車，等車需要20分鐘，乘車約10分鐘。
一的士司機說，前晚就接到系統信息，通知碼頭上落客區搬遷至新址負一樓，來到現場卻發現，司機無法進入郵輪中心上落客區，仍需要在舊碼頭接駁處搭載乘客，乘客在抵深後也無法直接乘坐的士，需要乘坐接駁巴士到達舊碼頭。
此外，郵輪中心相關配套設施也仍需完善。港客孫先生抵達深圳忘記帶人民幣，他找遍整個中心都沒看到有ATM提款機取錢。